生物堵塞的控制预防措施也主要从控制微生物生长的角度出发。滴灌系统周期性的加氯冲洗等措施是控制滴灌系统生物堵塞常用的方法。加入不同浓度的次氯酸、乙醇或氯气等，对滴灌系统的抗堵塞作用效果不同。当然也要注意滴灌系统冲洗。
　　引起滴灌系统化学堵塞的物质复杂且种类多样，且由于化学沉淀对水体环境的敏感性，导致化学堵塞的机理性研究难度更大。目前，针对化学堵塞的预防措施主要是酸化处理灌溉水、添加生物菌剂、适宜的运行策略等缓解灌水器化学堵塞。

　　结合灌溉水的水质及离子含量，综合考虑肥料类型及其最高浓度，避免发生水中钙等阳离子与磷酸根、硫酸根等阴离子反应，产生不溶物或者微溶物，堵塞滴头。

　　另外"降温效应"带来的问题是，当溶液非常凉时，肥料的溶解度会变得非常小，进而导致同样数量的水无法溶解预计的肥料。解决这一问题的方法是，把溶液放置数小时使温度升高，或连续搅拌，直到所有的肥料全部溶解。

　　灌溉水和肥料引起的物理堵塞解决方案。过滤是解决堵塞的核心。滴灌系统过滤器的主要类型有：离心过滤器，砂石过滤器，叠片式过滤器和网式过滤器四种，这四种过滤器除离心过滤器不能独立应用以外，其他三种可独立也可组合搭配成过滤系统。大颗粒可以考虑离心式过滤器，漂浮物可以考虑砂石过滤器，网式过滤器和叠片式过滤器可有效拦截灌溉水中的泥沙颗粒等悬浮杂质，也可以采用两种或者两种以上过滤器混合使用。